MindManager Pro6のアラート機能を使わないようであれば、Tools->Optionsでアラート機能をOFFにしておいて下さい。デフォルトでは、ＯＮになっていて、バックグラウンドでWindowsのサービスが動いています。これが気になるようでしたら、ＯＦＦにしておくことをお奨めします。